Пройшло 4000 років з тих пір, як людство залишило колиску цивілізації, планету Земля. Оточене ворожими Gnosis, людство намагається знайти способи перемогти загрозу своєму існуванню. Розвиток KOS-MOS (спеціалізований андроїд з дивовижними здібностями) інженером Shion Uzuki був відгуком на загрозу. Але коли їх судно зруйнували Gnosis, Shion і її товариші опиняються в центрі бою.