На дворі 2002 рік, і "Морський експрес", перший підводний поїзд між Америкою і Японією, готовий до свого першого рейсу. Головний інженер підозрює, що пробний запуск поїзда буде використаний в незаконних цілях, і наймає приватного детектива Бан Сюнсаку. Він прибуває в особняк свого клієнта тільки для того, щоб виявити, що той тільки що був убитий. Озброєний лише швидкоплинним поглядом на обличчя вбивці, Сюнсаку сідає в "Морський експрес", щоб докопатися до суті цієї таємниці. Однак ця робота - набагато більше, ніж він розраховував, оскільки поїзд зберігає секрети, недоступні нічиєму уяві.