У недалекому майбутньому людство стикається з загрозою в особі «Океанської Імперії», яка захопила контроль над світовим океаном за допомогою новітніх військових технологій. Для боротьби з ними багато країн посилюють свої військові і, особливо, підводні флоти. Японський варіант «машини для порятунку світу» — Суперсубмарина 99, побудована геніальним вченим Окі Дзюзо. Історія розповідає про Окі Сусуму, головного механіка СС 99, а також інших членів екіпажу та їхні пригоди з метою порятунку Землі.